作物能不能留種和轉(zhuǎn)基因沒有直接關(guān)系，關(guān)鍵在于種子本身是常規(guī)種還是雜交種。轉(zhuǎn)基因性狀轉(zhuǎn)入到常規(guī)作物中就可以留種，轉(zhuǎn)入到雜交作物中則不適合留種。

農(nóng)作物種子分為常規(guī)種和雜交種。雜交種是通過一定技術(shù)和方法將一個品種的花粉授給另一個品種從而結(jié)實產(chǎn)生的種子，雜交種能夠綜合父母兩個品種的不同優(yōu)勢，甚至還可能會產(chǎn)生超越兩個品種的雜交優(yōu)勢。在雜交種出現(xiàn)之前，農(nóng)民一直通過自留常規(guī)種來種植莊稼。

受育種技術(shù)的限制，并不是所有的作物都可以輕易地實現(xiàn)雜交。比如雜交水稻技術(shù)正是在袁隆平院士等科學(xué)家不懈努力之下才實現(xiàn)的，為中國及世界糧食安全作出巨大貢獻。作物的特點不同、種子類型也不同。玉米目前基本都是雜交種，而大豆、小麥則多為常規(guī)種，水稻既有雜交種又有常規(guī)種。

農(nóng)業(yè)生產(chǎn)上，如果使用了雜交種再對后代進行留種種植的話，因為性狀分離等遺傳規(guī)律，雜交產(chǎn)生的優(yōu)勢就會丟失，作物會整齊度不一、農(nóng)藝性狀會顯著下降，達不到現(xiàn)代化農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的要求。例如，玉米雜交種具有生產(chǎn)旺盛、產(chǎn)量高、抗病蟲害能力強的優(yōu)勢，但是種子來年再種則會發(fā)生參差不齊、性狀不優(yōu)、產(chǎn)量下降的情況，因此不宜留種，需要購買新種。而大豆、小麥常規(guī)種留種后性狀保持得較好，也就可以繼續(xù)作為種子使用，不必年年購種。

此外，小麥、玉米、水稻等作為糧食出售時，為了防止發(fā)芽帶來損失，有時候也會進行滅活處理，例如使用高溫熏蒸等措施來破壞種子內(nèi)部結(jié)構(gòu)。所以一般買來的糧食、進口的糧食是不能發(fā)芽或者發(fā)芽率不高，這和是不是轉(zhuǎn)基因也沒有任何關(guān)系。